A travers un désert aride et une chaleur caniculaire, l’équipe se dirige vers la montagne de la déesse Pachamama. L’eau devient une denrée rare et chaque gorgée doit être rationnée. Arrivés à l’ombre d’un rocher, une ombre gigantesque apparaît : c’est Kuruga, il est blessé et meurt de soif. Esteban et Zia cèdent leur ration d’eau au chef des Urubus, et celui-ci leur apprend qu’il a été chassé de sa tribu parce qu’il avait échoué dans l’attaque du lac. Il leur donne aussi une information capitale : les Urubus vont leur tendre un piège et tenter de donner Zia en sacrifice... Sur ces paroles, Kuruga quitte le pays.

Kuruga n’avait pas menti : les héros sont pris en embuscade ; pour leur échapper, ils doivent se faufiler dans des gorges d’où s’échappent des émanations sulfureuses. Le soir venu, les enfants sont enfin sortis de la vallée de la mort et peuvent contempler un spectacle peu commun : un rayon du soleil couchant frappe la montagne, faisant apparaître un point brillant comme une étoile. Serait-ce aujourd’hui que le chemin d’Inti croiserait celui de Koyolite ?

Sentant que quelque chose d’important est proche, les enfants et les espagnols gravissent la montagne vers l’étrange point lumineux. Il s’agit en fait d’un gros saphir incrusté dans une statue de pierre représentant Pachamama, la déesse de la terre. Se conformant aux indications de Kraka, Esteban et Zia détachent les blasons du soleil de leurs pendentifs et les placent sur la poitrine de la statue... Soudain, deux énormes blocs de pierre coulissent et laissent apparaître une immense ville dorée ! Mais alors que le soleil se cache derrière les montagnes, la couleur disparaît et révèle que la cité n’est faite que de pierre...

A l’aube, les enfants sont réveillés par des tremblements sourds ; selon Zia, Pachamama fait trembler la terre pour montrer sa colère. Peu après, Mendoza, Sancho et Pedro décident de faire le tour de la ville pour savoir si d’autres mystères s’y cachent.

Resté dans la grande salle, Pichu découvre un quipu coincé dans le bec du Grand Condor. Esteban tente d’aller le récupérer en gravissant le dos de l’oiseau d’or, mais pris de vertige il atterrit dans une cabine où se trouvent des sièges. Sans plus s’attarder, Esteban et Tao finissent par mettre la main sur le quipu. Zia s’empresse alors de le traduire : " un grand danger approchait de la cité, tous les nôtres se sont enfuis vers le pays maya " ; de plus, il est indiqué que le Grand Condor pourrait sauver les habitants en cas de difficulté.

Sancho et Pedro entrent alors en catastrophe dans le temple : ils ont découvert un souterrain secret. En l’empruntant, l’équipe arrive à un lac de lave en fusion : la ville est construite sur le cratère d’un volcan. Une éruption est d’ailleurs proche puisque le sol tremble régulièrement, il faut vite s’enfuir !

Malheureusement, il est impossible de repartir : les Urubus les ont rejoint et vont prendre la ville d’assaut ; Mendoza doit commander la fermeture des portes de la cité en reprenant les médaillons. Autour d’eux, tout s’effondre : même le temple dans lequel les héros se sont réfugiés menace de s’écrouler.

Mais un phénomène étrange se produit alors : un rayon de soleil frappe le Grand Condor et celui-ci s’abaisse lentement, jusqu'à poser le bec à terre. Sans plus d’hésitation, et suivant les indications du quipu, les enfants grimpent dans la cabine de l’oiseau d’or, espérant d’y être en sécurité. Mais le temple semble avoir été construit en plein centre du volcan, et une formidable explosion projette le condor et ses occupants dans les airs...

Le Grand Condor poursuit son vol majestueux, et les passagers viennent à se demander où les mène l’oiseau. Mendoza a remarqué que la machine volante suivait le soleil couchant, et qu’il se dirigeaient donc vers l’ouest. Le Grand Condor amorce soudain sa descente, et surprend une troupe d’espagnols affairés à amasser des richesses. Leur chef croyant avoir vu un monstre s’empresse d’aller prévenir le gouverneur Pizarro.

Plus loin, les héros survolent le plateau de Nazca et peuvent admirer de nombreuses lignes représentant des animaux. L’oiseau semble suivre certains alignements, et finit par atterrir en plein milieu d’un dessin représentant un condor. Une fois descendus à terre, ils se rendent compte que les dessins sont en fait composés de monticules de pierres. Tao émet l’hypothèse qu’il s’agit là d’un port pour le condor, et qu’il a atterri là parce le soleil, d’où il tire sa puissance, s’est couché.

Des cris se font entendre de la cabine de pilotage : Sancho et Pedro qui y étaient restés viennent de découvrir un serpent d’or sortant du tableau de bord. Après plusieurs essais, il semble que ce serpent est en fait un manche de pilotage !

Dans la nuit, alors que les enfants dorment paisiblement aux côtés du Grand Condor, une attaque se prépare : Pizarro a réuni ses troupes et se trouvent déjà sur le plateau ; il est trop tard pour s’enfuir. Capturés, le gouverneur ordonne à Esteban de lui montrer comment vole le grand oiseau. Le garçon accepte, mais Mendoza lui a donné un plan : en déclenchant le mécanisme d’envol, il fait briller le condor et les espagnols éblouis ne peuvent empêcher le reste de l’équipe de leur échapper.

Mendoza aurait voulu se diriger vers le pays maya, comme le disait le dernier quipu, mais Esteban décide de retourner avant toute chose au vieux pic, pour tenir Kraka au courant de leurs découvertes. Le Grand Condor avance rapidement, et bientôt la ville suspendue aux nuages apparaît. Mais un danger se profile à l’horizon : les espagnols ont réparé le pont suspendu, et font déjà traverser leur canon. A la vue de la machine volante, les soldats paniquent : Esteban, qui est désormais un pilote accompli, parvient à sectionner le pont et le canon tombe au fond du gouffre !

Mais Gomez ne s’avoue pas vaincu : il a découvert le passage secret menant à la ville derrière la chute d’eau et fait exploser les éboulis qui l’obstruent. A cet instant, les espagnols se réjouissent de pouvoir marcher sur le vieux pic, mais la détonation n’a pas été sans conséquence : les montagnes se fissurent et s’effondrent sous le poids de l’eau. Gomez et Gaspard sont emportés par les flots, mais la cité est sauve.