Le Grand condor survole la jungle et le fleuve Amazone. Soudain, d’immenses nuages noirs apparaissent à l’horizon, et bientôt le condor est pris dans l’orage. Privée de son énergie, la machine entame une descente en catastrophe, pour finalement atterrir en plein milieu de la jungle. Là, surplombé par les arbres, le Grand Condor refuse de reprendre son vol ; de plus, un serpent géant surgit du fleuve et attaque l’équipe qui doit s’enfuir à toutes jambes. 

Leur course se termine dans un jardin extraordinaire composé de fleurs et d’animaux exotiques ; mais l’enchantement est de courte durée car les héros sont bientôt capturés par une tribu de femmes : les Amazones. Arrivés à leur cité, les enfants font connaissance de la sorcière Omuro, qui prépare leur sacrifice ! Ils seront offerts au dieu de la pluie. Zia imagine alors une parade : si Esteban parvient à chasser les nuages, peut-être les Amazones abandonneront-elles le rituel? Le sort de l'équipe entière repose encore une fois sur les seules épaules du fils du soleil... Pourtant, l'astre se fait curieusement attendre...

Mais le miracle se produit enfin: sur les invocations d'Esteban, les premiers rayons apparaissent... La reine des Amazones ayant assisté au spectacle, elle prend les étrangers sous sa protection, malgré les protestations de la fourbe Omuro.

Toute l’équipe est logée dans des appartements luxueux, mais sous haute surveillance. Les hommes parviennent néanmoins à sortir et à faire le tour des environs. Dans le palais, la sorcière Omuro s’entretient avec la reine : elle ne croit pas qu’Esteban soit le fils du soleil, et menace de malédiction si son imposture n’est pas punie. Elle aurait voulu reprendre le sacrifice, mais la reine a juré devant le miroir de la lune qu’elle ne ferait pas de mal aux nouveaux venus ; par dépit, elle veut avoir la vie de Morca, une jeune servante - la préférée de la reine - pour apaiser le dieu. 

La jeune fille en question fait la connaissance des jeunes héros, et finit par leur avouer le funeste destin que lui prépare Omuro. Selon elle, la sorcière est la seule personne pouvant parler au dieu de la pluie et lui demander de faire pleuvoir. Tao, intrigué, lui demande de les guider jusqu'à son temple. Là, ils découvrent une étrange machinerie dissimulée derrière un totem ; en tant que descendant de l’empire de Mû, Tao reconnaît un hygromètre, système connu de ses ancêtres, et prépare une petite ruse... 

De retour vers leurs appartements, les enfants croisent Mendoza qui dit avoir trouvé le moyen de s’échapper. En effet, le navigateur va construire un radeau de fortune pour traverser l’Amazone, mais l’anaconda géant est de retour et renverse le frêle esquif. Pour sauver les enfants, Paula, une Amazone qui les avait suivis, tue l’animal féroce. Malheureusement, cela s’est produit sous les yeux d’Omuro, qui l’accuse de trahison : l’anaconda sacré protégeait le peuple Amazone de la tribu voisine, les Sayvans. 

Mais Omuro est soudainement préoccupée par autre chose : sa fidèle assistante lui a fait savoir que le masque accroché au totem est au plus haut, signifiant qu’une tempête approche. La sorcière s’empresse d’apprendre au peuple qu’un grand malheur va s’abattre sur lui, et il est trop tard quand elle s’aperçoit que le mécanisme qu’elle utilise pour prévoir le temps a été faussé par les soins de Tao. Craignant d’être bannie de la cité, Omuro rejoint la tribu ennemie des Sayvans pendant la nuit pour leur apprendre que l’anaconda géant est mort et ainsi organiser une attaque. 

Le lendemain, les Sayvans attaquent avec Omuro à leur tête, et sans le Grand Condor il est impossible aux enfants d’aider les Amazones. Zia cependant se souvient du miroir de la lune, auquel la reine a souvent fait allusion. Utilisé correctement, il pourrait réfléchir les rayons du soleil vers le grand oiseau d’or et lui permettre de prendre son envol. C’est chose faite : le condor s’illumine et déploie ses ailes ! Dégagé de la jungle qui l’emprisonnait, il peut maintenant venir à bout des Sayvans en quelques minutes. 

Le Grand Condor atteint la mer et longe la côte ; devant lui s’étend un grand arc-en-ciel. Soudain, les lumières du tableau de bord s’illuminent et le manche de pilotage se fige, rendant l’appareil incontrôlable. Le Grand Condor semble aspiré par l’arc-en-ciel et entame un piqué vertigineux pour terminer sa course au fin fond d’une immense fosse qui semble avoir été creusée en pleine forêt. Malgré plusieurs tentatives, Esteban est incapable de faire redémarrer la machine ; au contraire, la cabine s’ouvre et le bec de l’oiseau, en s’abaissant, creuse une cavité dans la paroi de la grotte. 

La cavité ouvre sur un escalier raide, seule issue possible à la grotte. Au bout de celui-ci les héros se retrouvent dans un grand temple, qui en réalité fait partie d’une ville en ruine. Chacun fait le tour des lieux, et les enfants découvrent la statue d’un serpent avec des ailes ; à son pied, des inscriptions dans une langue ressemblant à celle de Mû retiennent l’attention de Tao. Excité par sa découverte, il disparaît à la recherche d’autres vestiges. 

Lorsque le reste de l’équipe le retrouve, Tao est dans une salle dont les murs sont couverts d’obscures inscriptions qu’il a commencé à traduire : autrefois vivait au pays maya un homme très intelligent appelé le serpent ailé, qui connaissait le ciel et la terre ; il avait construit un " four ", une fournaise géante qui réside dans la cité d’or. 

Le jour se lève sur les ruines de la cité maya, et Tao a de nouveau disparu. Esteban et Zia le retrouvent à l’entrée du souterrain qui conduit à la salle du masque de jade. Il a trouvé dans son encyclopédie la signification des idéogrammes qu’il n’a pas pu traduire la veille : ce serait le masque qui contiendrait la clef du mystère. Les enfants décident d’un commun accord de retourner dans la salle, où le mécanisme de destruction s’est arrêté et les portes se sont rouvertes. 

En examinant le masque de jade, Tao se rend compte qu’il y a de minuscules inscriptions à l’intérieur de ses yeux : elles donnent des indications étranges " deux horizontale, appuyez sur le serpent "... Elles correspondent en fait à des combinaisons à réaliser sur les illustrations figurant sur le mur. En les effectuant, un nouveau mécanisme actionne l’ouverture d’une dalle donnant sur une salle en dessous. Là, les enfants découvrent dans un sarcophage la moitié d’un étrange parchemin. 

Tout cela se passait trop bien : en remontant au temple, les enfants découvrent Mendoza, Sancho et Pedro capturés par de nouveaux adversaires ! Ce sont le docteur Fernando Laguerra, un européen ami de Cortès, et Marinché, une Inca dissidente, accompagnés du géant Tétéola, leur fidèle homme de main. Capturés à leur tour, les enfants se font déposséder du manuscrit et du vase de Tao, car les nouveaux venus sont eux aussi à la recherche des cités d’or.